В начале июня в Чон-Алайском районе на юге Кыргызстана на границе с Таджикистаном снова обострилась обстановка. Это произошло после того как еще в конце апреля и начале мая там произошел вооруженный конфликт, в котором погибло с обеих сторон 55 человек (с кыргызской 36, а с таджикской 19). Таджикская сторона в три часа ночи установила контейнер на территории Кыргызстана и стянула военных. После чего пограничники КР были приведены в боевую готовность и перешли на усиленный режим несения службы. МИД КР в этот раз вызвал посла РТ и вручил ему ноту протеста. В срочном порядке власти КР на всякий случай начали эвакуировать местных жителей. Экс-губернатор Баткенской области Кыргызстана Султанбай Айжигитов считает, что это очередной провакацией со стороны Душанбе и отвлекающим маневром от истиной цели, а ее по его мнению по-прежнему остается Баткенская область.